Азово-Черноморское территориальное управле­ние Росрыболовства создано в марте 2007 года в г. Ростове-на-Дону с целью осуществления функций по контролю и надзору за водными биологи­ческими ресурсами и среды их обитания во внутрен­них водах Российской Федерации, по оказанию государ­ственных услуг, управлению государственным имуще­ством в сфере рыбохозяйственной деятельности, охра­ны, рационального использования, изучения, сохране­ния, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также рыбоводства (за исключением промышленного), рыбопереработки. В зону ответственности управления входят территории Крас­нодарского края, Республики Адыгея, Карачаево- Черкесской Республики, Ставропольского края, Ростовской, Волгоград­ской, Воронежской, Липецкой, Саратовской областей.

Площадь обслуживаемой территории составляет 397,9 тыс. км², средняя плотность населения - 42,7 чел./км². В водный фонд бассейна входят: российские  акватории Черного и Азовского морей, Керченскй пролив и Таганрогский залив общей площадью 119,5 тыс. км²; более 8379 рек общей протяженностью 48 545 км; 21 водохранилище общей площадью 551,015 тыс. га; 7848 прудов и озер общей площадью 88,16 тыс. га; более 146 лиманов общей площадью 206,4тыс. га.

В структуру Азово-Черноморского территориального управления входят 20 отделов (общая численность 334 человека), в том числе 9 отделов центрального аппарата и 11 территориальных отделов:

• - Кубано-Адыгейский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Кавказский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Азово-Кубанский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов
• - Верхнедонской отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Липецкий отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Нижнедонской отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Прикавказский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Цимлянский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Черноморский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Балашовский отдел осударственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;
• - Межрегиональный отдел оперативного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов.

Азово-Черноморский бассейн богат рыбными ресурсами. Здесь обитают такие особо охраняемые виды рыб, как белуга, русский осетр, севрюга, стерлядь, черноморский лосось. Основные промысловые виды - сазан, лещ, судак, тарань, -черноморские кефали, азовская хамса, камбала-калкан, чер­номорская килька, хамса. Кроме того, существенную при­бавку уловам дают виды, акклиматизированные в этом бассейне: пиленгас (дальневосточная кефаль) и растительноядные рыбы (белый и пестрый толстолобики, белый и черный амуры).

В зоне ответственности Азово-Черноморского территориаль­но управления осуществляют свои полномочия по сохра­нению, воспроизводству водных биоресурсов и организации рыболовства два федеральных государственных учреж­дения: «Азчеррыбвод» и недавно созданное ФГУ «Аздонрыбвод», образованное в соответствии с приказом Росрыболовства от 15 сентября 2008 года №159 путём реорганизации ФГУ «Цимлянскрыбвод» и передачи территории ФГУ «Азчеррыбвод» (Ростовская область, Ставропольский край, Республика Карачаево-Черкесия) в ведение ФГУ «Аздонрыбвод».

В бассейне функционирует большое количество рыбоводных предприятий: рыбоводных заводов, рыбопитомников нерестово-выростных хозяйств, и в частности в Краснодарском крае:

• - ФГУП «Ейское экспериментальное хозяйство по разведе­нию и воспроизводству рыбы» (судак, тарань);
• - ФГУП «Восточно-Ахтарское НВХ» (судак, тарань);
• - ФГУП «Бейсугское НВХ» (судак, тарань);
• - ФГУП «Черноерковское НВХ» (судак, тарань);
• - ФГУ «Ачуевский ОРЗ» (осетр);
• - ФГУП «Темрюкский ОРЗ» (осетр, стерлядь);

- ФГУП«Гривенский ОРЗ» (осетр, стерлядь);

• - ФГУП «Кубанский ОРЗ» (осетр, стерлядь, севрюга);
• - Кизилташское нагульно-воспроизводственное кефалевое хозяйство;
• - ФГУ «Азчеррыбвод» (черноморские кефали);
• - Адлерский производственно-экспериментальный рыбовод­ный лососевый завод ФГУ «Азчеррыбвод» (черноморский ло­сось);
• - ФГУП «Племенной форелевый завод» (черноморский ло­сось);

в Республике Адыгея:

• - ФГУП «ЮПОРЦ» (осетр, растительноядные);
• - ООО «Азовпромресурс» (растительноядные);

 в Волгоградской области:

• - ФГУП«Медведицкий экспериментальный рыборазводный завод» (растительноядные, сазан);
• - ФГУ «Цимлянский завод по разведению частиковых рыб» (растительноядные, сазан);

в Ростовской области:

• - ФГУ «Донской осетровый завод» (осетр, белуга, стерлядь, севрюга);
• - ФГУП «Рогожкинский р/з» (лещ, сазан);
• - ФГУП «Аксайско-Донской р/з» (рыбец, сазан);
• - ФГУП РЗ «Взморье» (лещ, сазан);
• - ОАО «Садковское НВХ» (растительноядные);
• - ОАО «Кулешовское р/х» (лещ);
• - ОАО «Сусатско-Донское» р/х (лещ);
• - ООО Рыбопитомник «Лотос» (растительноядные, сазан).

История создания государственных органов рыбоохраны в Азово-Черноморском бассейне берет начало с 1939 года, когда в систему Главрыбвода Наркомата рыбной промыш­ленности СССР вошло Краснодарское Азово-Черноморское управление рыбоохраны и регулирования рыболовства и рыбоводства. Главной задачей управления являлся контроль за рыбохозяйственными водоемами Краснодарского края, охрана рыбных запасов, регулирование рыболовства, искус­ственное воспроизводство наиболее ценных промысловых видов рыб.

На первых порах в составе управления было 8 инспекций и 1 рыбоводный завод. В дальнейшем, после ряда реоргани­заций и укрупнения за счет Донского бассейна, управление преобразовалось в ФГУ «Азчеррыбвод». В зону ответствен­ности управления кроме Краснодарского края и Республики Адыгея вошли Ставропольский край, Карачаево-Черкесская Республика и Ростовская область, где действовали республи­канские, краевые, областные и 22 районные инспекции ры­боохраны. В структуре ФГУ «Азчеррыбвод» было уже 3 рыбо­водных завода (1 осетровый и 2 лососевых). В то время рыбоохранная работа на подконтрольных водое­мах осуществлялась силами 270 государственных инспекто­ров. Ежегодно ими вскрывалось до 25 тыс. нарушений рыбоохранного за­конодательства, а количество изыма­емых запрещен­ных орудий лова превышало 40 тыс. единиц.

Большая рабо­та проводилась по    определению ущерба, наносимого работой более б00 водозаборных стан­ций и сооружений. Ежегодно число водозаборов, не обору­дованных РЗУ, снижалось. Апробировались новые, более эффективные системы рыбозащиты, которые затем находи­ли применение и в других регионах России. Рыбоводные заводы наращивали выпуск молоди осетровых, черноморского лосося и форели. С выходом на проектную мощность Донского осетрового завода выпуск молоди осе­тра, севрюги белуги и стерляди достиг 2,5 млн. шт. Кроме того, в водоемы выпускалось более 200 тыс. шт. подращен­ной молоди лососевых.

С возвращением Росрыболовству контрольно-надзорных функций в области рыболовства и охраны водных биоре­сурсов открывается новая страница истории органов рыбо­охраны России. Эстафету этого трудного и важного для стра­ны дела в Азово-Черноморском рыбохозяйственном бас­сейне приняли сотрудники территориального управления Росрыболовства, которые совместно с другими подведом­ственными организациями, правоохранительными орга­нами и общественными объединениями горячо взялись за работу.

Несмотря на трудности организационного периода, в 2008 году госинспекторами управления вскрыто 2788 нарушений рыбоохранного законодательства в области рыболовства и сохранения водных биоресурсов. В правоохранительные органы передано 344 материала, в которых усматриваются признаки уголовного преступления. На_нарушителей наложено 2 661,35 тыс. руб. административных штрафов

Изъято более 16 т водных биоресурсов, 3136 единиц орудий лова, 172 единицы транспортных средств.

Среди сотрудников Азово-Черноморского территориального управления  и  подведомственных Росрыболовству ­учреждений немало заслуженных работников, которые нередко с риском для жизни выполняли свою нелёгкую работу. В первую очередь это А.П. Сушков - заместитель начальника ФГУ «Аздонрыбвод», проработавший в органах рыбоохраны 41 год, награжденный медалью «300 лет Российскому флоту», удостоенный почетного звания заслуженный работник рыбного хозяйства РФ»; Н.П. Сушкова - начальник отдела мониторинга, почетный работник рыбного хозяйства, также отработавшая в отрасли 41 год; А.С. Никитенко - помощник начальника управления ФГУ "Азчеррыбвод», отработавший в органах рыбоохраны 44 года, заслуженный   работник   сельского   хозяйства Кубани, почетный работник органов рыбоохраны России, почётный рыбовод России; И.М. Дмитриев - 47 лет стажа в органах рыбоохраны, почетный работник органов рыбоохраны; И.А. Удод - стаж 44 года, почетный работник органов рыбоохраны России; Л.Д. Фокина - стаж 46 лет, почетный работник органов рыбоохраны России; Н.Е. Саркисов, K.Г. Гладких - руководитель Воронежского филиала, 40 лет отдавший избранному делу, награжден медалью «За заслуги перед Отечеством» I степени, почетный работник органов рыбоохраны; З.В. Кожуховская - главный ихтиолог отдела, отработавшая в органах рыбоохраны более 30 лет, почётный работник органов рыбоохраны и почетный работник рыбного хозяйства; А.Ф. Репин - начальник отдела транспорта и флота, почетный работник органов рыбоохраны, также отработавший более 30 лет; П.С. Семилетов - начальник отдела рыбоводства и воспроизводства ВБР; В.В. Травинская - ведущий специалист, почетный работник органов рыбоохраны; Н.П. Шаталов- начальник участка ЦРЗ, почётный рыбовод России;   Н.В. Семина - главный рыбовод ЦРЗ, заслуженный   рыбовод   России;   Н.Н.   Володькина -ведущий ихтиолог, заслуженный работник рыбного хозяйства РФ, почетный работник органов рыбоохраны России; А.Т. Торопылин - начальник отдела, почетный работник органов рыбоохраны.