1. ФГУП «АзНИИРХ»
2. ФГУП «Аксайско-Донской РЗ»
3. ФГУП «Бейсугское НВХ»
4. ФГУП «Восточно-Ахтарское НВХ»
5. ФГУП «Гривенский ОРЗ»
6. ФГУП «Ейское ЭХРВР»
7. ФГУП «Медведицкий ЭРЗ»
8. ФГУП «Рогожкинский РЗ»
9. ФГУП «Темрюкский ОРЗ»
10. ФГУП «Черноерковское НВХ»
11. ФГУП «РЗ «Взморье»
12. ФГУП «Кубанский ОРЗ»
13. ФГУП «ЮПОРЦ»
14. ФГУП "Таганрогский морской рыбный порт"

Федеральные государственные бюджетные учреждения
 

1. ФГБУ «Аздонрыбвод»
Подведомственные "Аздонрыбводу": 

• "Цимлянский завод по разведению частиковых рыб" ФГУ "Аздонрыбвод"
• Донской осетровый завод" ФГУ "Аздонрыбвод"

2. ФГБУ «Азчеррыбвод»
Подведомственные "Азчеррыбводу"

• Кизилташское нагульно-воспроизводственное кефалевое хозяйство" ФГУ "Азчеррыбвод"
• "Адлерский производственно-экспериментальный рыбоводный лососевый завод" ФГУ "Азчеррыбвод"

3. ФГБУ «Ачуевский ОРЗ»

Федеральные государственные образовательные учреждения

ФГОУ «Ейский морской рыбопромышленный техникум» (ФГОУ «ЕМРТ»)